Оригинал материала
Штамм омикрон: Don’t Panic!
Ситуация со штаммом омикрон коронавируса SARS-CoV-2 пока напоминает старый черный анекдот про человека, упавшего в яму, и его товарища: «Ты как там, жив?!» — «Жив!» — «Ничего не сломал?!» — «Нет!» — «Хорошо! А куда упал?» — «Да еще лечу!» Все спрашивают экспертов, что будет, насколько тяжелый ковид вызывает омикрон, как быстро он распространяется и обойдет ли вакцинный иммунитет, и эксперты отвечают: надо набраться терпения, для получения надежных данных необходимо время.
Время нужно для наблюдения за больными. Эта история началась буквально только что. Самые ранние известные образцы, по-видимому, были получены в первую декаду ноября (хотя ясно, что вирус распространялся в популяции и раньше). Первый геном нового варианта загрузили в базу GISAID из Гонконга 22 ноября; тот факт, что из Гонконга, говорит нам, что ставить военные кордоны вокруг стран Южной Африки вряд ли имело смысл. Потом еще 10 геномов из Ботсваны и ЮАР загрузили 23 ноября; 24 ноября он получил обозначение B.1.1.529; 25 ноября Министерство здравоохранения ЮАР опубликовало для СМИ краткую информацию об этом варианте, 26 ноября Всемирная организация здравоохранения классифицировала его как VOC, присвоив ему название «омикрон».
Четвертого декабря ВОЗ сообщила [1], что пока нет данных о летальных исходах, вызванных омикроном. Появились уже теории о том, что омикрон — друг человека, этакая естественная вакцина, которая всех заразит, но никого не убьет, и коронавирус наконец-то станет тем, чем его считали оптимисты весной 2020 года: просто еще одним респираторным заболеванием.
Однако рост числа случаев в Южно-Африканской Республике начался около 23 ноября, а все мы, к сожалению, знаем, что волна летальных исходов отстает по времени от волны новых случаев: COVID-19, если убивает, убивает не мгновенно. Кроме того, население африканских стран моложе населения Европы, США или Японии, и путешественники в Африку, как правило, люди относительно молодые и здоровые, а основная часть смертей от COVID-19 приходится на пожилой возраст.
Были тревожные сообщения о повышенной заболеваемости младших возрастных групп, в том числе маленьких детей, в регионах, где распространился омикрон. Но пока неясно, как это следует интерпретировать: резкое увеличение числа госпитализаций в детских больницах в ЮАР было и во время дельта-волны [2]. Появились сообщения о росте общего числа госпитализаций и о некоторых тяжелых случаях [3].
Для кого-то это прозвучит цинично, но необходимо подождать, когда у нас будет достаточно данных о случаях COVID-19, тяжести протекания и летальных исходах в различных группах населения: старых и молодых, переболевших, иммунизированных различными вакцинами и неиммунных.
В геноме омикрона огромное число мутаций — рекордное даже по сравнению с другими штаммами, вызывающими опасения [4]. Есть мнение, что этот вирус эволюционировал в организме иммунодефицитного человека, который долго не мог выздороветь от COVID-19 — такие случаи описаны. Особенно много изменений в S-белке (он же спайк или шип), который отвечает за связывание коронавируса с клеткой. Именно с этим белком связываются и нейтрализующие антитела, которые коронавирус в клетку не пускают.
Среди этих мутаций много таких, которые уже известны с плохой стороны. Некоторые присутствуют в других штаммах и делают их более опасными. Другие, по данным матмоделирования, которое провели еще летом Фэн Чжан, Юрий Вульф и Евгений Кунин с соавторами, ослабляют связывание с антителами против старых штаммов коронавируса и при этом не влияют на его связывание с клеткой [5].
Сейчас многие вспоминают сентябрьскую публикацию в Nature — опыты, в которых плазмой крови переболевших и вакцинированных пытались нейтрализовать синтетический псевдовирус [6]. Это обычная практика при изучении иммунного ответа на коронавирус: получают безопасные вирусы, несущие S-белок коронавируса, которые могут заражать только клетки в культуре. В таком эксперименте удобно смотреть, как заражению препятствуют антитела человека. Так вот, авторы создали псевдовирус-полимутант — с 20 мутациями, вызывающими замены аминокислот в S-белке, — и антитела вакцинированных людей перестали нейтрализовать этот псевдовирус. (Правда, антитела переболевших и затем вакцинированных справлялись неплохо.)
В спайке омикрона более 30 мутаций, и это не сулит ничего хорошего; есть важные мутации и в других белках. Кроме мутаций, обеспечивающих уклонение от антител, отмечены такие, которые помогают вирусу легче проникать в клетку, уклоняться от врожденного иммунитета (то есть делают его более заразным). Выглядит геном на редкость неприятно. Идея отмены авиаперелетов на основании ТАКИХ биоинформатических данных не кажется алармистской.
И в самом деле, есть сообщения о полностью вакцинированных людях, которые тем не менее уже заразились омикроном. Можно ожидать, что они будут легче переносить болезнь, но сам факт не радует. В эти выходные все обсуждают первый препринт из ЮАР, авторы которого оценили риск повторной инфекции в ноябре 2021 года по сравнению с первой, второй (бета) и третьей (дельта) волной в ЮАР [7]. К их результатам могут возникнуть вопросы — например, удивительно, что авторы не выявили у беты и дельты повышенной способности уклоняться от иммунного ответа, но у омикрона такая способность точно имеется, и более выраженная, чем у предыдущих штаммов.
Насколько хорошо омикрон ускользает от антител, тоже можно исследовать в лабораторных условиях, на псевдовирусах, и это уже делается. Но такие эксперименты занимают несколько недель.
Европейский центр профилактики и контроля заболеваний (ECDC) оценил общий уровень риска для стран Евросоюза и Европейской экономической зоны, связанный с дальнейшим появлением и распространением омикрона, «от высокого до очень высокого» [8]. По очень приблизительным оценкам, через 1–5 месяцев омикрон может стать причиной более половины новых случаев коронавирусной инфекции в Европе. (Точные сроки зависят от того, сколько случаев вызывается омикроном в Европе сейчас, от того, насколько он на самом деле заразен и как быстро распространяется.)
Что можно делать пока? То же, что и до омикрона: носить маски в общественных местах, прививаться (как защищены привитые, предстоит определить, но непривитым омикрон точно не обещает ничего хорошего) и не жалеть средств на эпидемиологические наблюдения. Россия далеко не чемпион по секвенированию геномов коронавируса среди стран мира [9]. Поэтому не исключено, что омикрон уже здесь, просто мы об этом не знаем. У двух наших путешественников, которые вернулись из ЮАР и находились на карантине, омикрон обнаружили [10]. Ведущие производители вакцин всерьез задумались о версии 2.0 и о том, как сделать ее быстрее [11]. Такие планы есть и у разработчиков «Спутника» [12]. Похоже, имеется как минимум одно эффективное лекарство в таблетированной форме — «Паксловид» от Pfizer, который проходит клинические испытания в том числе и в РФ [13, 14].
А мы воспользуемся универсальным советом из «Автостопом по Галактике» Дугласа Адамса для любой тревожной ситуации с высокой степенью непонятности: Don’t Panic (без паники)! Коронавирусная пандемия — испытание для психики, все мы устали болеть, бояться за близких и ждать плохих новостей. Но мы пережили первую волну, когда не было ни вакцин, ни лекарств, ни уверенности в том, что они появятся. Справимся и с омикроном. Наверняка уже на момент, когда этот номер выйдет из печати, мы будем знать больше.
Елена Клещенко
2. cbsnews.com/news/omicron-variant-children-south-africa/
4. covariants.org/shared-mutations
5. pcr.news/novosti/koronavirus-ne-mozhet-beskonechno-uvelichivat-svoyu-prisposoblennost/
6. nature.com/articles/s41586–021–04005–0
7. medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.11.21266068v2
8. ecdc.europa.eu/en/publications-data/covid-19-threat-assessment-spread-omicron-first-update
9. pcr.news/novosti/md-2021-den-2-molekulyarnaya-diagnostika-covid-19-/
11. nytimes.com/2021/11/28/health/covid-omicron-vaccines-immunity.html
12. tass.ru/obschestvo/13099423
13. pcr.news/stati/tabletka-ot-koronavirusa-kompanii-pfizer-proydet-klinicheskie-issledovaniya-v-rossii/
14. clinline.ru/reestr-klinicheskih-issledovanij/738–12.11.2021.html