В своем отчете о расследовании теракта Владимир Маркин ни словом не обмолвился о другом уголовном деле, возбужденном после теракта. Уголовное дело по статье о «неисполнении требований по обеспечению транспортной безопасности» было возбуждено после прямого требования Дмитрия Медведева. На совместной коллегии с руководителями ФСБ и Следственного комитета президент резко заявил, что спецслужбы сработали непрофессионально.
26 января Медведев велел руководству МВД «тряхнуть» всю транспортную милицию. «Если люди не понимают, как надо работать, мы найдем других людей», — заявил он. И тут же отправил в отставку ряд высокопоставленных чиновников, отвечающих за безопасность, — от начальника управления по транспорту МВД в Центральном федеральном округе, генерал-майора Андрея Алексеева, до начальника ЛУВД «Домодедово» Александра Трушанина и двух его заместителей.
В феврале был уволен руководитель Федеральной службы по надзору в сфере транспорта Геннадий Курзенков. Официально — по собственному желанию, на деле — после того как это публично предложил министр транспорта Игорь Левитин.
В рамках расследования теракта Следственный комитет также начал проверять бывших руководителей транспортной милиции. А параллельно занялся сотрудниками и собственниками самого аэропорта. Следствие установило, что Магомед Евлоев мог не прятать бомбу под курткой, а ходить с ней совершенно спокойно: крупнейший аэропорт был оснащен всего одной рамкой металлоискателя, которую легко можно было обойти.
Пока Следственный комитет выяснял, аэропорт или транспортная милиция виноваты в том, что теракт стал возможен, Дмитрий Медведев потребовал от Генпрокуратуры и Счетной палаты выяснить, кто собственник «Домодедова».
По законодательству, ответственность за теракт возлагается на собственников аэропорта, но в случае с «Домодедовом» они неизвестны. Дело в том, что три года, с 2005-го по 2008-й, госструктуры пытались отбить аэропорт у нынешних собственников. Аэропорт все атаки успешно отбивал, отчасти потому, что структура его собственности была неизвестна. Проведя обширную проверку после теракта, Генпрокуратура в очередной раз констатировала, что 322 объекта недвижимости крупнейшего аэропорта страны принадлежат некой офшорной компании. Найти его реальных собственников так и не удалось.
В июле бизнесмены Дмитрий Каменщик и Владимир Коган, которых считают владельцами аэропорта, были допрошены. Как и раньше, собственниками они себя не признали, место работы не назвали (оба сослались на 51-ю статью Конституции РФ, позволяющую не свидетельствовать против себя) и вообще отказались обсуждать со следователем структуру собственности «Домодедова», заявив, что они всего лишь консультанты российского представительства офшорной компании «Эйрпорт менеджмент компани лимитед», зарегистрированной на острове Мэн.
После допроса всегда закрытый для журналистов Дмитрий Каменщик собрал пресс-конференцию, где сообщил, что не раскрывает собственников аэропорта, опасаясь рейдерской атаки, предупредил, что «борьба за контроль над аэропортом «Домодедово» обостряется», и что группа бизнесменов, согласовавшая свои действия «с самыми первыми лицами страны, включая президента Дмитрия Медведева», требует продать ей блокирующий пакет акций «Домодедова» за миллиард долларов.
Позже Каменщик признался, что является бенефициаром 100% акций DME Limited, холдинговой компании аэропорта. Однако отказывался раскрыть структуру акционеров, опять объяснив это опасениями рейдерских атак.
Впрочем, поиск тех, кто просмотрел появление в аэропорту террориста, застопорился не из-за Каменщика. В Минтрансе уверены, что вину за теракт нельзя возлагать на службы «Домодедова», а ведомства стали перекладывать вину друг на друга. Минтранс возложил ответственность на ЛОВД аэропорта, там сообщили о нехватке сотрудников из-за милицейской реформы и ограничились отставками. При этом Госдума уже рассмотрела в первом чтении законопроект «О транспортной безопасности», по которому в аэропортах введут новые правила безопасности и четко разграничат действия различных служб. Пока же по требованию Ространснадзора во всех аэропортах действует стопроцентный досмотр посетителей. Его ввели ровно год назад, на следующий день после теракта. К примеру, в самом «Домодедове» разработали комплексную Программу по усилению мер безопасности, увеличили расходы на обеспечение безопасности на 360 млн рублей, закупили рамки-металлоискатели, создали Единый производственно-диспетчерский пункт Службы авиационной безопасности и завели 25 служебных собак, натренированных на поиск оружия и взрывчатки.