Сразу после гибели Магнитского правозащитники провели собственное расследование ее обстоятельств. Правозащитник Валерий Борщев уже тогда высказывал опасение, что Магнитского перед смертью избивали.
Сразу после гибели Магнитского тогдашний президент Дмитрий Медведев поручил генеральному прокурору РФ Юрию Чайке и министру юстиции Александру Коновалову разобраться в причинах смерти юриста в СИЗО. Медведев отправил в отставку несколько высокопоставленных чиновников ФСИН, но реального наказания за гибель Магнитского никто не понес.
Спустя четыре года после смерти Сергея Магнитского его родные настаивают на том, что виновные в его смерти должны быть наказаны. О этом в эфире Радио Свобода говорил дядя Сергея Тимур Гусейнов.
Ранее СК возбуждал несколько уголовных дел в отношении экс-сотрудников СИЗО "Бутырка" по факту смерти Магнитского. Бывшего лечащего врача юриста Ларису Литвинову подозревали в "причинении смерти по неосторожности", экс-замначальника СИЗО Дмитрия Кратова – в "халатности вследствие неисполнения профессиональных обязанностей". Дело против Литвиновой было прекращено за истечением срока давности, в декабре 2012 года Тверской суд Москвы оправдал Дмитрия Кратова.
В 2010 году с подачи коллег погибшего был составлен так называемый "список Магнитского", в который вошли более 60 чиновников МВД, ФСБ ФНС, Арбитражного суда, Генеральной прокуратуры и ФСИН, которые, по мнению сотрудников фонда Hermitage Capital, были причастны к хищению средств фонда.
В конце 2012 года США приняли так называемый "Акт Магнитского", предусматривающий визовые и финансовые санкции в отношении российских чиновников, причастных к смерти Магнитского и другим нарушениям прав человека. В Великобритании "Акт Магнитского" не принят, однако официальные лица Директората по особым делам МВД сообщают, что "содержание "списка Магнитского" им известно, и приняты все меры, чтобы не допустить выдачи британских виз входящим в него лицам".
В июле этого года Тверской суд Москвы не нашел оснований для реабилитации умершего Сергея Магнитского. Напротив, его признали виновным в уклонении от уплаты налогов посмертно. Ранее дело против Магнитского было прекращено в связи с его смертью. Виновным в неуплате налогов признали и главу фонда Hermitage Capital Уильяма Браудера, приговорив его заочно к девяти годам колонии общего режима и лишив права заниматься предпринимательской деятельностью на территории России сроком на 3 года.
Родные Сергея Магнитского не оставляют попыток его реабилитировать. Мать погибшего юриста оспаривает в Мосгорсуде незаконный, с ее точки зрения,
Родные Сергея Магнитского не оставляют попыток его реабилитироватьотказ судьи Игоря Алисова рассматривать жалобу в отношении заместителя Генерального прокурора России Виктора Гриня. Он, в свою очередь, не нашел нарушений в действиях сотрудников МВД по делу о гибели Магнитского в СИЗО. В заявлении адвоката Николая Горохова указывается на признаки совершения служебного подлога судьей Игорем Алисовым при вынесении постановления об отклонении жалобы в отношении заместителя генпрокурора Гриня. Именно судья Алисов вынес в июле посмертный обвинительный приговор Магнитскому.
Накануне годовщины гибели Сергея Магнитского парламентарии из 21 страны образовали группу "Правосудие для Сергея Магнитского", цель которой – продвижение национальных и межгосударственных законодательных инициатив, подобных американскому закону Магнитского, в отношении нарушителей прав человека в мире. Возглавляет группу канадский депутат Ирвин Котлер, бывший министр юстиции и генпрокурор страны. Ранее он выступал в защиту политзаключенных Нельсона Манделы и Натана Щаранского.