Причиной аварии «Прогресс» стало нештатное разделение разделение третьей ступени ракеты-носителя и грузового космического корабля. По словам главы Роскосмоса Игоря Комарова, к этому привели «разгерметизация бака окислителя и бака горючего третьей ступени».
По словам заместителя главы ведомства Александра Иванова, энергии от разгерметизации баков было достаточно, чтобы отбросить «Прогресс» на 40 километров выше расчетной орбиты.
Комаров заявил, что спецкомиссия до 22 мая определит точную причину нештатной ситуации с ракетой-носителем «Союз-2.1а» и кораблем.