25 января на станции метро «Октябрьское поле» бросился под поезд человек. Движение в сторону центра было полностью прекращено более чем на час.

13 февраля неисправность состава привела к сбою движения поездов на Серпуховско-Тимирязевской линии. Работа метро была нарушена почти 30 минут.

5 мая на перегоне между станциями «Выхино» и «Рязанский проспект» произошло задымление, причиной которого стало возгорание контактного рельса. В результате ЧП движение поездов было прекращено в обоих направлениях. 300 человек было эвакуировано. «Мосгортанс» выделил 120 автобусов для перевозки пассажиров между станциями «Выхино» и «Текстильщики».

Утром 5 июня на перегоне между станциями «Библиотека имени Ленина» и «Охотный ряд» произошло возгорание силового кабеля. Движение в центральной части «красной» ветки было парализовано, на некоторых станциях возникла давка. В результате пострадало 47 человек, семеро из них были госпитализированы, более 4,5 тысяч пассажиров были эвакуированы. После того, как пожар был потушен, шесть станций Сокольнической линии были закрыты, движение на них было восстановлено только к полудню. Спустя полчаса на том же перегоне произошло короткое замыкание, что вновь привело к нарушению графика хода поездов.

11 июня в результате самопроизвольного отключения энергоснабжения линии на участке от «Боровицкой» до «Нагорной» произошел сбой движения поездов, было задержано два состава. 14 человек обратились за медицинской помощью, девять были госпитализированы.

13 июня на Замоскворецкой линии на станции «Павелецкая» упал на рельсы человек. Для его извлечения пришлось снять напряжение с контактного рельса, поезда следовали с увеличенными интервалами. Пострадавший был госпитализирован.

27 июня вследствие неисправности светофора на станции «Полежаевская» произошло задымление, из-за чего движение поездов было затруднено на 10 минут.

30 июня на перегоне между станциями «Фили» и «Багратионовская» на пути упало дерево, что прервало движение поездов в обоих направлениях. Были запущены компенсирующие автобусы от станции метро «Кунцевская» до метро «Багратионовская». Спустя час движение было восстановлено.

17 июля движение поездов от станции «Парк Культуры» до «Сокольников» было остановлено более чем на 20 минут в связи с падением человека на рельсы. Происшествие произошло на станции «Комсомольская»

18 июля в результате снятия напряжения с контактного рельса движение по Кольцевой ветки от «Киевской» до «Октябрьской» было остановлено на 50 минут. Движение осуществлялось в одну сторону.

9 августа на Серпуховско-Тимирязевской линии произошло сразу два сбоя в движении поездов. Причиной первого стали заклинившие тормозные колодки головного вагона одного из составов, причиной второго — задымление на перегоне между станциями «Цветной бульвар» и «Менделеевская».

12 сентября было прервано движение поездов между станциями «Нагорная» и «Боровицкая». Причиной стало расцепление вагонов одного из составов. Движение со станции «Боровицкая» осуществлялось только в сторону «Цветного бульвара» с увеличенными интервалами. В переходах со станции возникла давка.

20 сентября произошел пожар в кабине машиниста поезда на Серпуховско-Тимирязевской линии. Пассажиры состава были эвакуированы, пострадавших не было. Поезда по «серой» ветке шли с увеличенными интервалами.

21 сентября произошел сбой на Арбатско-Покровской линии. Неисправный состав был отбуксирован с основных путей. Более 20 минут потребовалось на восстановление движения в полном объеме.

25 сентября на участке между «Петровско-Разумовской» и «Тимирязевской» в утренний «час-пик» произошел сбой в работе сигнального устройства. Более 20 минут поезда шли с увеличенными интервалами.

27 сентября на станции «Шоссе Энтузиастов» гражданин Таджикистана попал под колеса прибывающего поезда и погиб. В результате снятия более чем на 40 минут напряжения контактного рельса не ходили поезда между станциями «Марксистская» и «Шоссе Энтузиастов».

3 октября на перегоне между станциями «Новокосино» и «Новогиреево» сломался состав. Поезда ходили с увеличенными интервалами.

3 октября из-за технического сбоя в работе электрооборудования на участке Люблинской линии на перегоне между станциями «Волжская» - «Печатники» было временно парализовано движение поездов.

6 октября произошел сбой движения на участке Таганско-Краснопресненской линии от станции «Кузнецкий мост» в сторону станции «Пушкинская». Технические неполадки с поездом вызвали задымление под одним из вагонов состава. Пассажиров эвакуировали, спустя 10 минут движение было возобновлено.

Крупные ЧП в московском метро в 2013 году