5 сентября 2006 года газета "КоммерсантЪ" опубликовала комментарий главы Республики Карелия на события в Кондопоге, в котором Сергей Катанандов фактически солидаризовался с националистами, оправдывая действия погромщиков "несоответствием менталитета приезжих", разделив жителей города, граждан России на "наш народ" и "другой народ".

Миссионерский отдел Тульской епархии распространил пресс-релиз по поводу деятельности Тульского общества сознания Кришны. Епархия обвиняет религиозную организацию в том, что "под видом проведения праздников российско-индийской культуры <...> кришнаиты третий год подряд обманным путем вовлекают десятки туляков, большинство из которых являются крещеными и православными, в чуждые им религиозные ритуалы". Последний такой праздник состоялся 27 августа в Центральном парке культуры и отдыха.

Наместник Свято-Троицкого монастыря Рязани архимандрит Андрей (Крехов) направил в адрес Министерства культуры РФ, главы городской администрации, главного архитектора города, регионального управления культуры и массовых коммуникаций ноту протеста. Причиной послужило строительство торгово-развлекательного центра "Перекресток" в охранно-ландшафтной зоне монастыря.

4 сентября 2006 года в Москве на Пушкинской площади состоялся митинг, организованный движением "Российские радикалы" (Николая Храмова), против введения преподавания "Основ православной культуры" в школе. Один из очевидцев, описавший события в своем Живом журнале, обратил внимание на присутствие среди журналистов, освещающих мероприятие, камеры ОРТ (свое удивление он объяснил "несоразмерностью" внимания к событию).

В ночь с 5 на 6 сентября в Кондопоге (Карелия) снова была предпринята попытка поджога. Неизвестные попытались поджечь здание спортивной школу, в которой временно размещены семьи выходцев из Средней Азии. Пожарным удалось предотвратить распространение огня - повреждена только стена здания. Пострадавших нет. Милиция подозревает в поджоге двух местных жительниц. По одной из версий, причиной поджога могло стать то, что один из тренеров школы - выходец с Кавказа.

Еврейская религиозная община Санкт-Петербурга потребовала от редакции городского журнала "Собака.ru" объяснений в связи с публикацией в сентябрьском номере коллажа, представляющего Израиль в виде раковой опухоли. "Мы задались вопросом, действительно ли редакция разделяет мнение ряда людей, что Израиль является раковой опухолью?" - пояснил пресс-секретарь общины Мойша Трескунов.

5 сентября 2006 года в Петрозаводске праворадикальные организации попытались организовать "народный сход", по аналогии с митингом 2 сентября в Кондопоге . Однако акция фактически провалилась - по оценке информационных агентств, в ней приняли участие не более 150-200 человек. По некоторым сообщениям, в это число включены анархисты, пытавшиеся заглушить своими выкриками лозунги праворадикалов из ДПНИ и сочувствующих им скинхедов (по некоторым данным, скинхеды приехали из Петербурга).

2 сентября 2006 г. в Москве в День города активисты движения "Оборона" провели несанкционированную акцию против поправок в закон "О противодействии экстремистской деятельности". Участники акции прошли от гостиницы "Националь" до Пушкинской площади. В руках у митингующих были плакаты, которые формально подпадают под закон об экстремизме, призванные продемонстрировать абсурдность отдельных положений закона: "Лужков - блондинка" , "Путин ест детей" , "Онищенко пьет боржоми" .

В Сыктывкаре пастор христианской церкви "Исход" Виктор Дудин обвинен в административном правонарушении за произнесение молитв и пение песен религиозного содержания во время молодежного концерта 28 июля. Концерт был организован фондом "Возрождение", созданным при церкви "Исход". Программа мероприятия была согласована с городской администрацией. В перерывах между музыкальными номерами выступающие говорили о вреде наркотиков, курения и недопустимости абортов. В начале августа и.о.

В начале сентября 2006 г. в ряд школ Поворинского района Воронежской области поступила милицейская инструкция по выявлению среди учеников "экстремистов" и "террористов". Учителям предлагается сообщать в органы внутренних дел об учащихся, участвующих в неформальных объединениях, в особенности - разделяющих идеи нацистов, национал-большевиков, комсомольцев, а также антиглобалистов.

6 сентября в Москве задержан еще один (четвертый) подозреваемый по делу о взрыве на Черкизовском рынке. Задержанному уже предъявлено обвинение. "25-летнему москвичу Николаю Королеву предъявлено обвинение в убийстве двух и более лиц общеопасным способом по мотивам национальной вражды, а также в соучастии в организации этого взрыва" , - сказал официальный представитель прокуратуры.