Оригинал материала
Рассказываем все, что известно ученым о варианте дельта, из-за которого Россия переживает небывалую вспышку ковида
Плохих новостей много, но вакцины должны сработать
Сразу самое главное
Дельта (B.1.617.2) — это новый вариант коронавируса SARS-CoV-2, впервые обнаруженный и описанный в Индии. Для него характерна значительно повышенная заразность, если сравнивать с исходным уханьским и даже «британским» (альфа, B.1.1.7) вариантами. По всей видимости, из-за этой высокой заразности вариант дельта за очень короткое время распространился в России и сейчас фактически вытеснил все остальные разновидности SARS-CoV-2.
Вариант дельта также способен частично уходить от естественного и вакцинного иммунитета, что проявляется, например, в том, что одной прививки для надежной защиты в его случае оказывается недостаточно, она наступает только после введения второй дозы. Полностью иммунизированные люди по-прежнему защищены от тяжелого течения болезни, хотя некоторое небольшое снижение эффективности (относительно появления симптомов) видно в статистике и по таким людям.
Есть предварительные данные о том, что заражение этим вариантом может чаще приводить к госпитализации, но пока нет оснований считать, что итоговая летальность среди зараженных будет выше. Чтобы ее оценить, прошло слишком мало времени — пока ученые исходят из того, что в этом отношении ничего не поменялось.
А теперь подробнее
Чем он отличается?
Это вариант SARS-CoV-2 самой распространенной линии B, который несет несколько потенциально важных мутаций, в том числе и в S-белке. Подробнее обо всех них можно узнать здесь.
Из важного и интересного можно отметить, например, характерную для варианта дельта мутацию P681R в районе общей для всех вариантов так называемой «фуриновой вставки». Эта вставка — небольшой фрагмент S-белка, в котором перед проникновением в клетку может проходить его разрезание. Сторонники лабораторного происхождения SARS-CoV-2 рассматривают эту вставку как один из аргументов в пользу того, что вирус был искусственно «улучшен» исследователями, которые пытались сделать его более заразным для клеток человека. Аргументация строилась на том, что этой фуриновой вставки нет у ближайших родственников SARS-CoV-2, а она при этом облегчает разрезание S-белка и влияет на заразность (подобный участок, впрочем, встречается у других коронавирусов).
У варианта дельта в этом месте произошла дополнительная мутация, которая сделала его S-белок еще более удобным для разрезания, чем в исходном, уханьском вариате. Как следствие, это усилило заразность вируса.
Помимо прочего, спонтанное появление такой мутации показывает, что естественный отбор в большой популяции смог оптимизировать вирус куда лучше, чем неудачливые работники некой лаборатории (если таковые вообще были).
Откуда он взялся?
Вариант дельта был впервые обнаружен в Индии осенью прошлого года — первый геном был опубликован в международной базе GISAID 7 октября 2020 года. Это, однако, не значит, что новая разновидность SARS-CoV-2 возникла в той же стране — речь идет именно об обнаружении первого известного образца этого варианта, а не происхождении самого варианта.
Какова доля варианта дельта в России?
Точно сказать пока нельзя, но разумно исходить из предположения, что вариант дельта уже вытеснил все остальные варианты SARS-CoV-2.
Мы точно знаем, что это справедливо по крайней мере относительно Санкт-Петербурга — единственного региона, где данных секвенирования достаточно для того, чтобы оценить текущую долю всех вариантов и их динамику. Согласно этим данным, новый штамм распространялся в городе в последние два месяца с экспоненциальной скоростью, потеснив даже известный своей заразностью вариант альфа («британский»). По остальным регионам страны, где данных слишком мало, известно, что этот вариант находят в самых разных точках страны, причем даже там, где число прочитанных геномов вируса исчисляется единицами. Это означает, что Санкт-Петербург точно не исключительный случай, а, скорее всего, отражение ситуации в целом по стране.
Актуальные данные по распространению вариантов в разных регионах России можно посмотреть на сайте taxameter.ru, созданном группой профессора Сколтеха Георгия Базыкина на основе данных, собираемых в международной базе GISAID (нужно выбрать вариант и период времени). Последний научный анализ распространения новых вариантов в России от сотрудника НИИ гриппа им. Смородинцева Андрея Коммисарова можно посмотреть здесь.
Можно ли определить в лаборатории каким вариантом я заболел?
Нет. В коммерческих лабораториях делают ПЦР-тесты, но с их помощью невозможно отличить вариант дельта от других вариантов SARS-CoV-2. Для этого требуется полностью прочитать геном из выделенного образца или сделать другой специальный анализ — нам не известно о том, чтобы в коммерческих лабораториях предлагали такие услуги. Это и не имеет никакого практического смысла: во-первых, стратегия лечения инфекции новым вариантом никак не изменилась; во-вторых, дельта уже вытеснил почти все остальные линии коронавируса, так что «найти» их стало сложно.
Что известно про заразность?
Вариант дельта определенно более заразен, чем исходный (уханьский) вариант вируса и заразнее даже варианта альфа (B.1.1.7 «британский штамм»). Это следует из динамики распространения этого варианта в разных странах, прежде всего в Великобритании, где сейчас анализируется более 80% всех случаев заражения. В Великобритании рост варианта дельта виден независимо по разным регионам — это означает, что вероятность его распространения по чистой случайности исключена. Подробнее о распространении вируса можно прочитать в последнем отчете британских медиков и в научных публикациях. Сходная картина наблюдается и в России, об этом будет сказано ниже.
Помимо анализа динамики распространения варианта в разных сообществах, у исследователей есть еще один независимый аргумент в пользу большей заразности «дельты». Это доля инфицированных контактов (secondary attack rate), то есть пропорция людей, зараженных вирусом, среди тех, кто вступал в контакт с ранее зараженным человеком. У зараженного человека спрашивают о том, с кем он общался в последнее время, после чего анализируют долю инфицированных людей среди его контактов. Эта доля (по тем же данным британских медиков) для «дельты» оказалась достоверно выше, чем для «альфы»: 11,4% против 8%.
Что известно про тяжесть заболевания?
Из всего, что известно относительно варианта дельта, сведения о тяжести вызываемого им заболевания пока самые ненадежные. Это связано с тем, что существует большая задержка между инфекцией и выздоровлением либо смертью инфицированного. Грубо посчитанная летальность (число умерших, деленное на общее число инфицированных, CFR), которая есть по Великобритании, не помогает оценить истинную тяжесть заболевания, так как на фоне роста случаев заражения часто оказывается заниженной — число новых заболевших растет быстрее, чем число выздоровевших. По этой грубо посчитанной летальности никаких определенных выводов сделать пока невозможно — может быть, за исключением того, что резкого и явного роста смертности для дельты не наблюдается.
Тем не менее на основе данных из Шотландии британские медики осторожно говорят о повышенной вероятности госпитализации в случае заражения вариантом дельта. Риск повышается примерно в 1,5-2 раза (.pdf стр. 43). Этот риск рассчитан с учетом возраста и сопутствующих заболеваний инфицированных. Но необходимо помнить, что пока это предварительные данные, собранные только из одного региона одной страны. Вполне возможно, что в будущем, при учете других сопутствующих факторов заболевания и анализе данных из других стран, повышенный риск госпитализации может и не подтвердиться — остается ждать полноценной научной публикации.
Есть ли отличия в симптомах?
В научной литературе таких отличий не описано. Источником разговоров о том, что заражение вариантом дельта приводит к несколько иным симптомам, чем заражение другими вариантами SARS-CoV-2, стал, по-видимому, Тим Спектр, сотрудник Королевского колледжа в Лондоне и один из разработчиков приложения Zoe. Это приложение предназначено для отслеживания симптомов ковида, им пользуются в основном британцы.
Согласно Спектру, «ковид сейчас работает по-другому — среди молодых он больше похож на сильную простуду… мы больше не видим потерю запаха среди топ-10 самых частых запросов». Слова Спектра, однако, пока не были подтверждены ни научными публикациями, ни даже пресс-релизом проекта по отслеживанию симптомов, в рамках которого было сделано приложение Zoe. Он также не предложил функционального объяснения причинам различия в симптомах для разных вариантов вируса.
Повышен ли риск повторных заражений вариантом «дельта»?
Видимо, нет. Ученые не видят роста повторных заражений на фоне распространения нового варианта. Источник этих данных — исследование SIREN, в рамках которого несколько тысяч медицинских работников в Великобритании проходят регулярное ПЦР-тестирование на ковид независимо от наличия или отсутствия у них симптомов. По последним данным (.pdf стр. 32), среди тех, кто переболел, никакого всплеска заражений не наблюдается — несмотря на широкое распространение «дельты» и постоянный контакт с заболевшими.
Эффективны ли против него вакцины?
К сожалению, ответ сложнее, чем «да» или «нет». Он звучит так: ученые определенно видят падение эффективности вакцинного иммунитета к варианту дельта, но это падение, по данным на сегодня, не влияет на главное — на уровень защиты, который дает полная вакцинация против тяжелого течения болезни и госпитализации.
Далее цитата из нашего предыдущего текста о новом варианте.
По «Спутнику» прямых данных об эффективности вакцины нет. Зато есть данные из Великобритании, где используется аналогичная «Спутнику» аденовирусная вакцина AstraZeneca и почти 100% новых заражений приходятся именно на этот штамм.
Согласно британским данным (1, 2), в случае варианта дельта недостаточно частичного иммунитета, который возникает после первой прививки. Спустя 21 день после получения первой дозы эффективность вакцины составляет только около 30%, что на 15–20% ниже, чем эффективность в тот же период относительно варианта альфа («британского» штамма). После второй прививки иммунитет становится более прочным и разница в эффективности между вариантами оказывается не столь существенной, всего 5–6%, причем как для вакцины AstraZeneca, так и для Pfizer/BioNTech.
Эти эпидемиологические данные (собранные среди заболевших) подтверждаются также лабораторными исследованиями, в которых наблюдают падение связывания варианта дельта с сывороткой крови вакцинированных (1, 2, 3, 4, 5).
Можно добавить, что в ближайшее время ожидается публикация по результатам анализа связывания варианта дельта с сывороткой крови вакцинированных «Спутником». Согласно предварительным данным исследователей из Центра Гамалеи, падение «силы» связывания антител с новым вариантом действительно наблюдается и составляет примерно в 2-4 раза. Это ожидаемый результат, подобное наблюдалось и для других вакцин. В дальнейшем для них было показано, что это падение связывания как максимум приводит к более частому возникновению симптомов болезни, но не к тяжелому течению заболевания.
Возможно ли появление других, еще более опасных вариантов?
Да. Ситуация, при которой в популяции распространение инфекционного агента не заканчивается, а доля людей, которые переболели или вакцинированы, близка к половине (не слишком большая и не слишком маленькая), создает идеальную ситуацию для дарвиновского отбора на способность преодолевать иммунитет. Если такое положение вещей будет продолжаться достаточно долго, возникновение по-настоящему безразличных к вакцине вариантов фактически неизбежно.
Вывод — необходимо вакцинироваться.
Использованные и рекомендуемые источники
Эпидемиологические данные британского агентства общественного здоровья (Public Health England)
- Последнее резюме по варианту дельта
- Последний технический отчет (16)
- Технический отчет 15
- Все технические брифинги британского PHE
Косвенные данные по сыворотке вакцинированных
- Reduced sensitivity of infectious SARS-CoV-2 variant B.1.617.2 to monoclonal antibodies and sera from convalescent and vaccinated individuals
- Neutralization against B.1.351 and B.1.617.2 with sera of COVID-19 recovered cases and vaccinees of BBV152
- Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees
- Neutralising antibody activity against SARS-CoV-2 VOCs B.1.617.2 and B.1.351 by BNT162b2 vaccination
- BNT162b2-elicited neutralization of B.1.617 and other SARS-CoV-2 variants
Прямые данные по заболеваемости
- Effectiveness of COVID-19 vaccines against the B.1.617.2 variant
- Genomic analysis of symptomatic SARS-CoV-2 vaccine breakthrough infections from a tertiary care centre in India
- Early epidemiological signatures of novel SARS-CoV-2 variants: establishment of B.1.617.2 in England
Общие данные по реинфекциям SARS-CoV-2
Молекулярные данные
Животные модели
SARS CoV-2 variant B.1.617.1 is highly pathogenic in hamsters than B.1 variant
Александр Ершов