Сафронов не успел проработать в «Роскосмосе» и пары месяцев, как летним утром его задержали у подъезда того же дома на Нижегородской улице, из окна которого предположительно добровольно бросился вниз его отец. Ивану предъявили обвинение в государственной измене за общение с чешским коллегой. Следователем по его делу был назначен Александр Чабан — один из самых жестоких сотрудников Первого «шпионского» управления ФСБ.